בפרשתנו אנו קוראים את הציווי בענין שילוח הקן: "כי יקרא קן צפור לפניך בדרך בכל עץ או על הארץ אפרוחים או ביצים והאם רובצת על האפרוחים או על הביצים - לא תקח האם על הבנים. שלח תשלח את האם ואת הבנים תקח לך, למען ייטב לך והארכת ימים".
בענין זה מנו מוני המצוות שתי מצווות: האחת - שלא ליקח האם על הבנים, והשניה - לשלח את האם, אם לקחה על הבנים (ראה משנה תורה, ראש הלכות שחיטה).
ככלל, היחס שבין שתי מצוות אלו מוגדר על ידי הרמב"ם כ"לאו הניתק לעשה", דהיינו, שקיים איסור לקחת את האם על הבנים, ואם עבר על האיסור ולקח את האם – עליו לשלח אותה. לאור האפשרות של תיקון האיסור ("לא תיקח האם על הבנים") על ידי ביצוע מצות העשה ("שלח תשלח"), לוקים על האיסור רק אם לא תיקן אותו באמצעות מצות העשה (ראה משנה תורה, הלכות שחיטה, יג, א-ב).
בהתאם לפשוטו של מקרא, קובע הרמב"ם כי האיסור מן התורה הוא לקחת את האם בעודה על האפרוחים. אלא שמיד תישאל השאלה – האם יש איסור מן התורה לקחת את האפרוחים בזמן שהאם רובצת עליהם? מסתבר, שבענין זה קיימת מחלוקת ראשונים. לדעת הרמב"ם (הלכות מכירה כג, י) מדובר בגזרת חכמים, וכפי שהסביר שם הכסף משנה: "והתורה לא אסרה אלא שלא ליקח האם על הבנים, אלא ליקח לו לזכות בביצים ושלא ליקח האם - לא מיתסר מדאורייתא, אבל חכמים אסרוהו, גזירה שמא יבוא ליקח האם על הבנים". לעומת זאת, הראב"ד סבור שקיים איסור מדאורייתא גם בענין זה.
שאלה נוספת היא האם מצות שילוח הקן היא מצווה שראוי להשתדל לקיימה, לפחות כאשר נזדמן בפני האדם קן ציפור, או שרק כאשר אדם חפץ באפרוחים, והאם רובצת עליהם, כי אז עליו לפעול לפי הוראות הדין? למעשה, נחלקו האחרונים בענין זה – יש שפסקו שהחיוב לשלח את הקן הוא רק כאשר חפצים באפרוחים, ויש שפסקו שקיימת חובה לשלח את האם בכל מקרה (לסיכום הדעות ראו במאמרו של הרב אליעזר מלמד כאן באתר "ישיבה" כאן:
http://www.yeshiva.org.il/midrash/Shiur.asp?ID=1987).
ניתן לחבר מחלוקת זאת למחלוקת נוספת בענין טעמיה של מצוות שילוח הקן. במאמר הנ"ל נסקרו שלושה טעמיים למצוות שילוח הקן: האחד, לחזק בליבנו את מידת הרחמנות, שלא ניטול את האם מעל גוזליה, אלא קודם נשלחנה לחופשי, ורק לאחר שתתרחק מן הקן, ניטול את גוזליה. השני, לנטוע בלבנו יחס עמוק של כבוד לשימור החי, שכן בשמירת האם על גוזליה או ביציה ישנו ביטוי עמוק של דאגה ומסירות לגידול הדורות, ואין ראוי שננצל את תכונתה הטבעית של האם, שהיא מגנה על גוזליה, כדי להצליח לצודה. השלישי, על פי דברי המקובלים, שבעת שאנו משלחים את האם מעל בניה, והיא מצטערת על גוזליה ומטפחת בכנפיה, מיד עולה זכרונם של ישראל לפני אביהם שבשמיים, ומתעוררים עליהם רחמים,
אלו הסוברים ששילוח הקן מתקשר לטעם הרחמנות על החי, ודאי יסברו שאם אינו צריך לאפרוחים, אין שום עניין שישלח את האם ויקח אותם. ולהפך - אם יטול את הגוזלים ללא כל צורך יעבור על איסור "צער בעלי חיים", שכן מצער את האם בחינם. הדברים גם הולמים את שיטת הרמב"ם הרואה בצמד המצוות כלאו ניתק לעשה, כלומר – במצות עשה שבאה לתקן את הלאו, ולא כמצות עשה עצמאית. לעומת זאת, אלו המצדדים בטעם הערת הרחמים כלפי עם ישראל בשמים, יראו במצות שילוח הקן מצוה שראוי להשתדל לקיימה בכל מקרה.