במספר מקומות דנה התורה בענייני טומאה וטהרה, ואחד מהם הוא פרשתנו העוסקת באריכות בענייני פרה אדומה והכנת מי נדה, ובענייני אופן הטהרה מטומאת המת.
מאד מתבקש לחלק את ענייני הטומאה והטהרה לשנים – ענייני טומאה וענייני טהרה. בתוך ענייני הטומאה אנו מוצאים את טומאת הנבלה, השרץ, אוכלין ומשקין, נדה, יולדת, צרעת אדם, נגעי בגדים, נגעי בתים, זב, זבה, שכבת זרע, מת ומי נדה. בתוך ענייני הטהרה מטומאות אלו אנו מוצאים את אופני הטהרה הבאים: טבילה במקווה, הזאת מי נדה (פרה אדומה) ואופני הטהרה המיוחדים של המצורע.
הרמב"ם צעד באופן מדוייק בעקבות חלוקה זו ומנה את ענייני הטומאה כשלוש עשרה מצוות עשה נפרדות, ואת ענייני הטהרה כארבע מצוות נפרדות, וכבר הסברנו בעבר שמצוות אלו אינן מטילות חובה על האדם, שכן, לשיטת הרמב"ם אין חובה על האדם להיטהר מטומאתו ובוודאי שלא להיטמא, וכל כולן - קטגוריות או סיווגים הלכתיים. סביב סיווגים אלו בנה הרמב"ם את ספרו "משנה תורה", באופן שתרי"ג המצוות משמשות כמסגרת המארגנת את הספר.
[אכן, הרמב"ן חלק באופן נחרץ על הרמב"ם וסבר שענייני הטומאה אינם ראויים להימנות כמצוות שכן מדובר בענייני רשות. ולא ניתן להכתיר עניינים אלו כתור "מצוות", והדברים הולמים את ההבנה האינטואיטיבית של המושג "מצוה". מנגד, כפי שהוסבר לעיל, הרמב"ם מוכן להעניק למושג "מצווה" תוכן רחב יותר מזה של הרמב"ן. מצד שני, את אופני הטהרה השונים מונה הרמב"ן כמצות עשה. האם נסיק מכאן שהרמב"ן רואה חובה על האדם להיטהר מטומאתו (ראו אבן עזרא לויקרא יא, ח), שהרי הרמב"ן אינו מונה את דברי הרשות כמצוה? לא בהכרח. ניתן לומר גם בשיטת הרמב"ן שאין חובה על האדם להיטהר מטומאתו, אלא שאם האדם רוצה להיטהר (למשל – על מנת לאכול קודשים), עליו לעשות זאת בפרוצדורה מסויימת, כמו, למשל, שאם האדם רוצה לגרש את אשתו, עליו לעשות זאת בגט].
ואולם, באופן מפתיע, את ההפרדה הברורה שבין טומאה לטהרה "מקלקל" ענין אחד, שנמנה כמצות עשה אצל הרמב"ם (עשה ק"ח), והוא מי הנדה הנזכרים בפרשתנו – כלומר אותם מים שמעורב בהם אפר פרה שמזים מהם על טמא מת כדי לטהרו. מי נדה אלו מטהרים את טמא המת, ובתור שכאלו מקומם הנכון יהיה בקבוצת אמצעי הטהרה, אלא שהם בעצמם מטמאים, שכן אדם או כלים שנגעו בהם שלא לצורך הזאה על הטמא – נטמאים (הלכות פרה, טו, א). פתרון הפרדוקס הזה של מי נדה, המטהרים ומטמאים כאחד, הוליד דיון מעמיק שמקורו כבר במדרש והוא נמשך והולך לאורך כלל הדורות, ושפתרונו נמצא, יתכן, בקשר ההדוק שבין חיים ומוות (בדומה לקשר ההדוק שבין תשובה וחטא).
כך או כך, דיון זה לא פסח גם על מוני המצוות, והראב"ד בהשגותיו של מנין המצוות של הרמב"ם הקשה בפשטות – מדוע לא פוצל ענין מי הנדה לשנים: האחד – טומאת מי הנדה, והשני – היותם של מי הנדה כמכשיר של טהרה. ואכן, מבחינה אנליטית, כפי שהראינו לעיל, כך נכון היה לעשות. דבריו של ה"כסף משנה", המסביר שמי הנדה לא פוצלו "מפני שדבר אחד הוא – המטמא והמטהר", רק ממחישים את עוצמת המבוכה. וכאילו אין בכך די, הרי שהרמב"ם הביא את ענין מי הנדה (עשה ק"ח) בדיוק בתפר שבין ענייני הטומאה לטהרה, כלומר בסוף רשימת הטומאות (המתחילה בעשה צ"ו), ובתחילת רשימת הטהרה (מיד לפני עשה ק"ט – טבילה במקוה), ללמדנו על דילמת השיוך הכפול של מי הנדה.
ככל הנראה, בכל הנוגע לשיטת הרמב"ם, לא נוכל להכריע להיכן לשייך את מי הנדה. כשלעצמה, קושיית הראב"ד על האי פיצול של מי הנדה אינה מכבידה, שכן ממילא הרמב"ם מנה כמצות עשה נפרדת את ענין עשיית הפרה האדומה (עשה קי"ג) הנוגע אך ורק לענין הטהרה, ולפיכך בפועל נעשה פיצול בין ענין הטומאה (הנכלל בענין מי הנדה), לבין אופן הטהרה של טמא המת (הנכלל בענין הפרה אדומה). אך עדין אין בכך כדי לשפוך אור על שאלת מהותם של מי הנדה. האם לכך כיוון רש"י בדבריו: "לפי שהשטן ואומות העולם מונין את ישראל לאמור מה המצוה הזאת ומה טעם יש בה, לפיכך כתב בה חקה: גזירה היא מלפני, אינך רשאי להרהר אחריה" ?