אלו היו תוצאות המלחמה במדין: צבא ישראל הרג כל זכר במדיינים, לרבות חמשת מלכי מדין, ואת בלעם בן בעור, וכן שרף באש את עריהם. כמו כן, צבא ישראל לקח בשבי את נשי מדין וטפם, ותפס כשלל את בהמתם ורכושם של המדיינים. עם חזרתו של הצבא למחנה יצאו לקראתו משה, אלעזר הכהן וכל נשיאי העדה, וכשמשה הבחין שנשות מדין הותרו בחיים קצף משה על ראשי הצבא: "החייתם כל נקבה? הן הנה היו לבני ישראל בדבר בלעם למסור מעל בה', על דבר פעור ותהי המגיפה בעדת ה'. ועתה הרגו כל זכר בטף, וכל אשה יודעת איש למשכב זכר הרוגו".
קצפו של משה מעורר שאלה קשה שנדרשו לה המפרשים השונים: מדוע קצף משה על פקודי החיל, והאם קצף זה היה מוצדק? השאלה מתעצמת לאור העובדה שמשה לא נתן ציווי מפורש בענין הריגת הנשים. כל שצוה משה היו הדברים הבאים: "וידבר משה אל העם לאמר: היחלצו מאתכם אנשים לצבא ויהיו על מדין לתת נקמת ה' במדין. אלף למטה אלף למטה לכל מטות ישראל תשלחו לצבא.... וישלח אותם משה אלף למטה לצבא, אותם ואת פינחס בן אלעזר הכהן לצבא וכלי הקודש וחצוצרות התרועה בידו". המוטו היה "לתת נקמת ה' במדין", ומהיכן היו צריכים פקודי החיל להניח שיש בכלל זה את ענין הריגת הנשים?
עיון בפרשת המלחמה במדין יעיד על אופיה המתגלגל של מלחמה זאת: הציווי עליה ניתן בשני שלבים. השלב הראשון נזכר כבר בפרשת פנחס (כה, טז ואילך) "וידבר ה' אל משה לאמור, צרור את המדינים והכיתם אותם, כי צוררים הם לכם בנכליהם אשר נכלו לכם על דבר פעור". אלא שאין אנו קוראים על ביצוע ציווי זה, שכן לאחריו מופיע ענין מפקד בני ישראל. לא בכדי כתב החזקוני שם "אין זה ציווי לאלתר שהרי בפרשת מטות בשעת המעשה נצטוו, אלא ליישב דעתן מענין המגיפה שהיתה על ידי מדין נכתבה כאן". אין לשכוח: מדין לא היו משבעת עמי כנען, ואף לא עמדו בדרכם (פיזית) של עם ישראל בכיבוש הארץ (בשונה מסיחון ומעוג). לולא ענין החטא בבעל פעור לא היה מקום למלחמה בהם.
בפרשתנו, חוזר ה' על הציווי במלחמה במדין, עם שני ניואנסים ברורים: התיזמון והאופי של המלחמה. "וידבר ה' אל משה לאמור: נקום נקמת בני ישראל מאת המדיינים, אחר תאסף אל עמיך". התיזמון ברור: המפקד הושלם ויש צורך להגיע לביצוע. באשר להיבט הנקמה – ה' קובע את אופיה של המלחמה, אך מותיר את הענין באופן פתוח, לשיקול דעתו של משה. ואכן, משה צובע את המלחמה באופי מאד ייחודי: הוא אינו שולח את כל הצבא למלחמה (בשונה, ככל הנראה מהמלחמה בסיחון), אלא רק 12000 לוחמים, והוא עושה זאת באופן שוויוני בין המטות – 1000 למטה, ללמדנו את הסימבוליות של המלחמה: כל עם ישראל מיוצג בה באופן שווה, לשם הנקמה. וכמובן, משה שולח את פנחס עם הצבא – לא את אלעזר הכהן הגדול, מחליפו של אהרון – אלא את בנו דווקא, לאור מעורבותו הדרמטית של פנחס בתחילת הענין, עם הריגת זמרי וכוזבי. כך או כך, המלחמה נצבעת לה - לא כמלחמת השמדה טוטאלית (כדרך שנעשה בסיחון - ונלכוד את כל עריו בעת ההיא, ונחרם את כל עיר מתים והנשים והטף, לא השארנו שריד (דברים ב, לד)), אלא כמלחמת נקמה ייחודית. די ב – 12000 לוחמים, כי במלחמת נקמה סימבולית עסקינן (ראו בהסברו השני של הרמב"ן ל - לא, ו).
אם כך הם הדברים, הרי שהיה צדק בהבנתם של בני ישראל לכך שאין לנהוג במדין כבסיחון, ואין להרוג את כל המדיינים והמדייניות, מה עוד שלא היה כל צורך לכבוש את שטחם לצורך ירושת מקומם. כל מה שהיה צריך הוא לתת להם מכה חזקה כדי שלא יעזו להתעסק בשום ענין עם עם-ישראל בהמשך. ואכן המלחמה הצליחה והשיגה את האפקט המבוקש: חמשת מלכי מדין נהרגו (בענין העברת מסר - הדבר מזכיר את מלחמת יהושע בעמלק).
אלא שהמלחמה, בס"ד, הצליחה הרבה יותר מהתכנון המקורי. כל הזכרים נהרגו, וכל עריהם נשרפו. מי היה מאמין שצבא של 12000 לוחמים יצליח להכניע עם שלם? וכאן הגיעה הדילמה של שרי הצבא: האם אנחנו ממשיכים הלאה והופכים את המלחמה במדין למלחמה קולוסאלית כדרך שנעשה בסיחון, או שאנו שומרים על האופי הסימבולי של המלחמה, לוקחים שבויים וחוזרים אחורה. שרי הצבא לא רצו לקחת סיכון ובחרו באופציה השניה וחזרו אחורה.
משה לא קצף עליהם על כך שלא המשיכו באופציה הסיחונית, שכן היה הגיון רב בשיקול דעתם. סוף סוף, כפי שכתבנו לעיל, מדין לא היו משבעת עמי כנען, ואף לא עמדו בדרכם (פיזית) של עם ישראל בכיבוש הארץ (בשונה מסיחון ומעוג). לולא ענין החטא בבעל פעור לא היה מקום למלחמה בהם.
ואולם משה קצף על שרי הצבא כי הם איבדו דווקא את האופי הנקמתי של המלחמה: הלא נשות מדין הביאו את האסון הנורא על עם ישראל ואותן, או לפחות את אלו שהשתתפו בחטא, היה צריך להרוג, כנקמה. מהבחינה הזאת, את מלחמת הנקמה המתגלגלת היה צריך להמשיך שלב נוסף, ואת הענין הזה החמיצו שרי הצבא.