בפרק טז של ספר ויקרא מתארת התורה באופן מפורט את סדר עבודתו של הכהן הגדול, ואת פעולת הכפרה שלו על כל העם. הפרשייה הארוכה מסתיימת בפסוקים הבאים: "והיתהלכם לחקת עולם, בחדש השביעי בעשור לחדש תענו את נפשתיכם וכל מלאכה לא תעשו, האזרח והגר הגר בתוככם. כי ביום הזה יכפר עליכם, לטהר אתכם, מכל חטאתיכם לפני ה' תטהרו. שבת שבתון היא לכם ועניתם את נפשתיכם חקת עולם. וכפר הכהן אשר ימשח אתו ואשר ימלא את ידו לכהן תחת אביו, ולבש את בגדי הבד בגדי הקדש. וכפר את מקדש הקדש, ואת אהל מועד ואת המזבח יכפר; ועל הכהנים ועל כל עם הקהל יכפר. והיתה זאת לכם לחקת עולם, לכפר על בני ישראל מכל חטאתם אחת בשנה"
אם נתמצת את האמור בפרשייה, הרי שהכהן הגדול הוא זה שמבצע את עיקרה של פעולת הכפרה על מנת שבני ישראל יטהרו מלפני ה'.הוא מקריב את פר החטאת, את איל העולה, ואת שני השעירים (שהאחד מוקרב לחטאת והשני נשלח לעזאזל), ובאמצעות כך הוא מכפר על המקדש, על אוהל מועד, על המזבח, על הכהנים ועל כלל עם ישראל. פעולתו של האדם מישראל – עינוי הנפש ואיסור עשיית המלאכה - המתוארת בפרשייתנו, נבלעת לה בתוך פעולת הכהן הגדול ונראית ככזו שמשמשת לה רקע, ולא ככזו שעומדת בפני עצמה. פעולת האדם מכפרת? העינוי מכפר? עיצומו של יום מכפר? לא. הכהן הגדול הוא שמכפר. "כי ביום הזה יכפר עליכם לטהר אתכם מכל חטאתיכם לפני ה' תטהרו" – מי מכפר? הכהן הגדול (זהו פשוטו של מקרא, וראה אבן עזרא על אתר).
בכך דומה יום הכיפורים לשאר הקרבנות שבהם האדם המתכפר פסיבי, וגורם שלישי (על פי רוב –כהן) הוא אשר מבצע את הכפרה, אפילו באותם "קרבנות חוץ" הדומים לשעיר המשתלח - כמו ציפורי המצורע, או עגלה ערופה.
כמה פרקים מאוחר יותר, בפרשיית המועדות של ספר ויקרא (כג), מתגלית תמונה שונה לגמרי: "אך בעשור לחדש השביעי הזה יום הכפרים הוא, מקרא קדש יהיה לכם ועניתם את נפשתיכם, והקרבתם אשה לה'. וכל מלאכה לא תעשו בעצם היום הזה, כי יום כפרים הוא, לכפר עליכם לפני ה' א-להיכם. כי כל הנפש אשר לא תענה בעצם היום הזה ונכרתה מעמיה. וכל הנפש, אשר תעשה כל מלאכה בעצם היום הזה, והאבדתי את הנפש ההיא מקרב עמה. כל מלאכה לא תעשו: חקת עולם לדרתיכם בכל משבתיכם. שבת שבתון הוא לכם ועניתם את נפשתיכם; בתשעה לחדש בערב, מערב עד ערב תשבתו שבתכם".
בפרשייה זו נזכרים המרכיבים שהופיעו גם בפרשיית הכפרה של הכהן הגדול - הקרבן, עינוי הנפש, איסור המלאכה, אך המשתתף העיקרי של הפרשייה הקודמת - הכהן הגדול - נעדר ממנה לחלוטין. הוא אינו מופיע בתיאור זה כלל ועיקר ואין לו חלק ונחלה במעשה הכפרה. במקום הכהן הגדול מופיע גורם חדש בפרשייתנו, המשותף לכל המועדים, והוא - היות יום הכיפורים מקרא הקודש. נמצא, שהאדם הוא אשר מביא את הקרבן, הוא מענה את נפשו, והוא אסור במלאכה, והכפרה אינה מקושרת במעשה הכהן הגדול, אלא תלויה ועומדת לה, ויבוא מקרא הקודש, עיצומו של יום הכיפורים, ויכפר: "כי יום כיפורים הוא לכפר עליהם לפני ה' א-להיכם".
שני היבטי יום כיפור עומדים לפנינו: האחד - זה שבו כפרתו של האדם מקושרת בפעולת הכהן הגדול, והשני – זה התולה את הכפרה בפעולת האדם ובעיצומו של היום. האם מדובר בשני כתובים המכחישים זה את זה או המשלימים זה את זה? יבוא הכתוב השלישי ויכריע (מתוך פרשיית המוספים שבספר במדבר): "ובעשור לחדש השביעי הזה, מקרא קדש יהיה לכם, ועניתם את נפשתיכם, כל מלאכה לא תעשו. והקרבתם עלה לה' ריח ניחוח, פר בן בקר אחד איל אחד, כבשים בני שנה שבעה, תמימם יהיו לכם.... שעיר-עזים אחד חטאת; מלבד חטאת הכפרים, ועלת התמיד, ומנחתה ונסכיהם.
הרי לנו שני ההיבטים עומדים כמשלימים: מצד אחד– מקרא קודש, עינוי הנפש, איסור מלאכה, והקרבת קרבן. מצד שני – חטאת הכיפורים, שאינה מפורטת כאן, וכתובה בספר ויקרא בפרשיית הכהן הגדול - "ושחט את שעיר החטאת אשר לעם".
וכך התייחדה לה כפרתו של האדם ביום הכיפורים משאר ימים, שביום הכיפורים הכפרה אינה תלויה רק באדם אלא גם בגורמים חיצוניים: הזמן (עיצומו של יום), והכהן הגדול. ובזמננו - "בזמן שאין בית המקדש קיים, ואין לנו מזבח כפרה - אין שם אלא תשובה. התשובה מכפרת על כל העבירות: אפילו רשע כל ימיו, ועשה תשובה באחרונה - אין מזכירין לו שם רשעו, שנאמר "ורשעת הרשע לא ייכשל בה, ביום שובו מרשעו". ועצמו של יום הכיפורים מכפר לשבים, שנאמר "כי ביום הזה יכפר עליכם". (משנה תורה, הלכות תשובה, א, ח).