בין כלל כלי המשכן שעליהם אנו קוראים בפרשתנו נמצא גם מזבח הקטורת (לז, כה), שהציווי המלא על עשייתו מופיע בפרשת תצוה(ל, א-י) "ועשית מזבח, מקטר קטורת עצי שיטים תעשה אותו... ונתת אותו לפני הפרוכת אשר על ארון העדות לפני הכפורת אשר על-העדות אשר איוועד לך שמה. והקטיר עליו אהרון, קטורת סמים... וכיפר אהרון על קרנותיו אחת בשנה, מדם חטאת הכיפורים אחת בשנה יכפר עליו לדורותיכם, קודש קודשים הוא לה".
עניין מזבח הקטורת מתייחד בכמה היבטים: ראשית, מקומו של הציווי על עשיית מזבח הקטורת אינו נמצא בפרשת תרומה יחד עם כל שאר כלי המשכן שנמצאים באוהל מועד (הארון, השולחן והמנורה) אלא מצוי בסוף פרשת תצוה, לאחר בגדי הכהן הגדול וקידוש הכוהנים בשבעת ימי המילואים. ענין זה מתחדד עוד יותר על רקע המקומות האחרים בהם נזכר מזבח הקטורת, הנמצאים בפרשותינו, שבהם מצוין מזבח הקטורת יחד עם השולחן והמנורה ולפני מזבח העולה. יש להקשות, אם כן, בענין זה מדוע הציווי הראשון על עשייתו של מזבח הקטורת הוזז לשלב מאוחר יותר?
שנית, לגבי מזבח הקטורת ניתן איסור ברור של העלאת קרבנות עליו "לא תעלו עליו קטורת זרה ועולה ומנחה, ונסך לא תסכו עליו", ואיסור זה נמנה על ידי רוב מוני המצוות כמצות לא תעשה (אחת או שתיים). אין זאת אלא כדי ללמדנו כי שונה מזבח הקטורת משאר המזבחות. מהו מזבח הקטורת ובמה ייחודו?
המפרשים נחלקו במעמדו של מזבח זה: יש מהם (הספורנו) שהקטינו את חשיבותו של מזבח זה, וראו בו (ובהקטרת הקטורת) כתור טקסי סיום להקרבת הקרבנות שהיא העיקר: "אבל היה עניין זה המזבח לכבד את הא-ל יתברך אחרי בואו לקבל ברצון עבודת עמו בקרבנות הבוקר והערב, ולשחר פניו במנחת קטורת". אחרים (אבן עזרא ועוד) ראו בו דווקא מעלה יתירה, שהרי הכהן הגדול מכפר עליו ביום הכיפורים.
פרשנים מודרניים עמדו בתורה מחודדת יותר על הרעיון שמאחורי מזבח הקטורת - לאפשר את ההתוועדות עם ה':
"את המפגש של בני ישראל עם השכינה במעמד הר סיני אפיינה דיאלקטיקה מסוימת. מבחינה אידאלית היו בני ישראל אמורים לשמוע את הציוויים ישירות מהקב"ה - פנים בפנים. ברם, בן תמותה אינו מסוגל לעמוד בחוויה מסוג זה, לפיכך, על מנת להגן על בני ישראל מההשלכות הנוראות של מפגש מעין זה, מצא הקב"ה לנכון לכסות את הר סיני בענן. ניתן להציע שתפקידו של מזבח הקטורת דומה. בעמדו בקודש, מהווה ענן העשן העולה מן הקטורת המונחת על גחלי האש היוקדים שעל המזבח תווך מפריד בין בני ישראל העומדים בחצר ובין הקב"ה, השוכן בקודש הקודשים (הרב מנחם ליבטאג, מתוך שעור לפרשת תצוה, פורסם באתר בית המדרש הוירטואלי של ישיבת הר עציון).
כיוון זה הומשך והודגש בדברים הבאים: "נמצא שעבודת הקטורת אינה כעבודות אחרות במשכן:אין היא "צורך גבוה" כמותן, ואין האדם משרת באמצעותה את ה', אלא אדרבה:האדם פועל בהעלאת הקטורת כשליח ה'.הוא מסך בענן בינו לבין מקום ההתגלות ופעולתו נועדה לאפשר לו עצמו (או לזולתו) את ההיוועדות עם ה'. מכאן אנו מגיעים למקומה של פרשת מזבח הקטורת ועבודת הקטורת.מחד, היא חותמת את ציווי מלאכת המשכן, באופן שכל פרטי הציווי הזה נתונים בין פרשת הארון שבתחילתו לפרשת מזבח הקטורת שבסיומו.רוצה לומר:עיקר מטרתו של המשכן הוא בהמשך התגלות ה' לישראל באמצעות משה, ועל כן בראש הציווי נתונה פרשת הארון - מקום התגלות ה', ובסיומו פרשת מזבח הקטורת - מעשה האדם שנועד ללוות התגלות זו" (הרב אלחנן סמט, מתוך שעור לפרשת תצוה, פורסם באתר בית המדרש הוירטואלי של ישיבת הר עציון).
מיקומו המיוחד של הציווי בענין מזבח הקטורת כמו גם איסור הקרבת קרבנות עליו מלמדים על אופיו של מזבח זה: הוא אינו משמש להקרבת קרבן אלא משמש מכשיר להתוועדות עם ה'. לפיכך יוחד לציווי בעניינו מקום מיוחד, והיותו מופיע בסוף הרשימה מלמדת על חריגותו וייחודו.